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离开大傻谷后，小茂先行离开了，而亚钢和小智一行人继续着旅行。而明天，在路上小智受到了大木博士的留言，让亚钢和小智给大木博士打一个电话。
“亚钢，小智，那些化石盔，菊石兽和多刺菊石兽是你们在大傻谷里抓来的。”大木博士一张嘴就直奔主题。
“没错，是我用小智的神奇宝贝球抓的，那些都是我给小智选的资质不错的化石神奇宝贝。它们还好吧，我抓了联盟应该没意见吧。”小智听到这话一脸的懵懂，亚钢猜大木博士已经知道大傻谷出现的化石神奇宝贝，就自己承认了。
“没问题，我就说是你是我安排的人，你放心，我会好好照顾它们，它们全都刚刚醒来，身体很虚弱，要经过一段时间的调养才能恢复过来。”大木博士知道亚钢和小智很关心神奇宝贝，这话让小智安下心来。“亚钢，它们借我研究一下没问题吧。”
“当然了，大木博士，当初抓的时候就特意选了全部的化石神奇宝贝的每一个形态，就是为了方便你研究，你只要帮小智照顾好它们。”以亚钢的了解，虽然大木博士研究神奇宝贝很尽心，但有时有点过头了，不顾自己的危险，如果发现稀有神奇宝贝，那他就会死缠烂打的黏着对方。好在大木博士也有很强的神奇宝贝，不会有什麽大的危险。
几天后的路上，波克比也在亚钢的期待中诞生了。
“啊，好可爱，波克比你好啊。”小霞看着波克比，两眼直放光。“叫尅布哩~”∩_∩，波克比高兴的叫道，看来波克比虽然没在小霞面前孵化，但是波克比还是很喜欢小霞。
小智一行人继续向着红莲道馆前进，而路上碰到了一位大叔要求进行神奇宝贝的对决，小智当然是来者不拒。
“上吧，铁甲犀牛。”大叔派出的神奇宝贝是铁甲犀牛。
“妙蛙种子，就决定是你了。”而小智跟原著一样，派出妙蛙种子来应战。
“铁甲犀牛，使用猛撞攻击”，大叔率先下令说，然后铁甲犀牛就向着这边冲了过来。
“妙蛙种子，寄生种子，然后麻痹粉。”看着铁甲暴龙向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令，像这种横冲直撞的方式是很好的活靶子。虽然妙蛙种子被撞飞，到寄生种子和麻痹粉成功命中铁甲，铁甲犀牛不断被吸收体力，补回妙蛙种子，妙蛙种子可以很快的恢复伤势。
“铁甲犀牛，振作起来啊！”大叔没想到会是这种情况。
“很好，妙蛙种子最后一击，飞叶快刀。”妙蛙种子飞出许多叶子，铁甲犀牛因为被麻痹，速度严重下降，根本躲不开，草系对地面系和岩石系效果拔群，而且还是小智特训版的飞叶快刀，铁甲犀牛直接失去了战斗能力。
“妙蛙种子干的好”，小智跑过去摸了摸妙蛙种子说。
“哒奈~”，可是就在这时，妙蛙种子痛苦的叫着。“妙蛙种子，你没事吧，我马上送你去神奇宝贝中心！”小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，小智不知道该怎么办，就抱着妙蛙种子向神奇宝贝中心冲去。
“大伙，我们快去神奇宝贝中心。”大家也看到妙蛙种子一脸痛苦，也没说什麽，跟小智一起跑向神奇宝贝中心。
终于在傍晚，小智等人赶到了神奇宝贝中心，并且把它交给了乔伊小姐检查。
“你的妙蛙种子没事，只是开始出现进化的征兆罢了，不过看起来它好像在抗拒进化。”在认真检查后，乔伊对在外等待着的小智说，。
“它没事就好，进不进化都随便它。”小智认为不进化也可以变强，只不过进化是快速变强的一个捷径。
“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看”，乔伊把小智等人带到窗户边，指着窗外说。
然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
“看来我们是迎接了重要的时刻了。”小刚听到后发出感慨。
“看起来很有趣，进化是在哪里发生的？”小霞这时突然问道，不过也提起了大家的好奇之心，毕竟这是一大奇迹啊。
“在被称为不可思议花园的地方哦。”乔伊笑着解释说。
“不可思议花园？”*3大家都没听过这个地方。
“可是到目前为止从来都没有人见过那个地方，所以甚至被认为是幻影呢。”乔伊继续解释说。
“想要知道不思议花园在哪里，可以跟着妙蛙种子走就够了。”这时小智的回答道。
吃过晚饭后，大家都没有休息，都在暗中观察妙蛙种子，想跟着妙蛙种子去不可思议花园，过了很长时间，小智看到了他的妙蛙种子出了门然后朝着花粉流动的方向去了。
“小霞，小刚，亚钢我们安静的跟着妙蛙种子走。”小智立刻去喊醒小霞他们。
看来在对于神奇宝贝安危的事上，小智的智商还是在线的。
“嗯，我们出发吧”，小刚同意到。
“这是什么”，大家跟着跑了一段时间后，就看到四周突然出现了许多的藤蔓，小刚看到后惊讶的说。
“你们看，藤蔓要把前面的路堵塞起来了”，小霞看着前方这时也立刻说道，毕竟前面就是不思议花园了。
“这里有个小洞，刚好够妙蛙种子进去，皮卡丘，你和杰尼龟先去，看着妙蛙种子，我们等一下就来。”小智担心妙蛙种子的安全，所以先放杰尼龟和皮卡丘进去确认安全。他们慢慢在藤蔓完全堵塞前跳了过去，不过小霞她们女生运动能力没那么好，要看着点。
“皮卡丘~”（我们走吧。）皮卡丘带着杰尼龟进去了。
“杰尼龟~”“皮卡~”（好漂亮啊~），它们看到下面平坦的草地上有好多的妙蛙种子，然后妙蛙种子开始唱歌，那个干枯的树开始成长，并且开出了大片的红花，而且地上也开了好多的小花。
这时，它们后面出现了一只妙蛙花，杰尼龟被下了一跳，马上进去战斗状态。
“皮卡~皮卡丘~”（住手，杰尼龟）皮卡丘制止了杰尼龟的行为，行为它感觉这只妙蛙花很强，不是单单它们两个能对付的。
“皮卡~皮卡~”（不好一起，我们是好奇才过来的，请原谅我们失礼的行为。）皮卡丘带着杰尼龟向妙蛙花道歉。
“哒奈~”（没关系，你们过来一下，我有话对你们说。）妙蛙花没有怪罪它们，慢慢的往树洞中走去。
皮卡丘和杰尼龟跟了过去，它们在里面看到了小智的妙蛙种子。三个马上走到一起打招呼。
“哒奈~”（你们为什么不进化，你们都有很好的资质，进化后能变得更强。）妙蛙花开口了。
“皮卡~”（我觉得我很喜欢这种形态，小智也不强求我们进化，他说变强不一定要进化，现在我不进化，也很少有雷丘能打赢我。）“杰尼~”“哒奈~”（就是就是~）皮卡丘它们说出来自己的内心的想法。
“哒奈~”（不进化确实也能变强，进化是能更快的得到力量，你们还小，不懂。当年我也是这样认为，但直到失去最重要的东西的时候，我才明白，有些事情是不会等你慢慢变强的。）
“皮卡~？？？？”皮卡丘头上冒出来一堆问号。“哒奈~”（即便你这样说，我也不会改变自己的想法。）妙蛙种子坚信自己的想法。
“哒奈~”（这是你的事，我只是建议你们。好了，我要出去了，庆典要开始了。）妙蛙花慢慢走出了树洞。
等小智他们到达的时候，庆典刚好开始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙种子的回应下，妙蛙种子开始吸收飘着的花粉，一个个都进化成了妙蛙草。
“我的妙蛙种子呢？”小智在一堆妙蛙草里寻找着妙蛙种子，可是找遍后都没有回应，小智很担心。
就在这时，一个喵喵形状的热气球出现了。
（武藏）“既然你诚心诚意的发问了”
（小次郎）“我们就大发慈悲地告诉你”
（武藏）“为了防止世界被破坏”
（小次郎）“为了保护世界的和平”
（武藏）“贯彻爱与真实的邪恶”
（武藏）“可爱又迷.人的反派角色”
（武藏）“武藏！”
（小次郎）“小次郎！”
（武藏）“我们是穿梭在银河的火箭队”
（小次郎）“白洞，白色的明天在等着……”
（喵喵）“就是这样！喵～”
“哈哈哈——，妙蛙草和妙蛙花，我们就收服了。”武藏一边说一边从热气球下伸出一个大管子，而后小次郎按了一个按钮后，管子就开始吸气，好多妙蛙草都被吸起来了。
“不好，快救妙蛙草。”小智看到妙蛙草好多都被吸了起来，，“暴皮卡丘，破坏那台机器。”
“我早就有准备。”原来这次火箭队的机械和热气球都做了防电处理，皮卡丘的十万伏特根本没有用。
“我们也来帮忙。”当小刚他们也想出手帮忙的时候，妙蛙花出手了。
“哒奈~”妙蛙花一声大叫，地上出现许多藤蔓，直接将热气球包了起来，然后用飞叶快刀，将袋子割破，被抓的妙蛙草全部掉了下来，掉下来的妙蛙草被藤蔓接住，最后所有的妙蛙草和妙蛙花还有小智的妙蛙种子使出了阳光烈焰，将火箭队炸飞。
“好讨厌的感觉啊~”火箭队变成流星飞走了。
“亚钢，这只妙蛙花好强啊。”小刚看到妙蛙花的实力很强，刚刚他看到妙蛙花的攻击都是一气呵成，怕待会儿会和妙蛙花发生冲突，所以提前来找亚钢，让他待会儿帮忙。
“这些都不重要，我的妙蛙种子，杰尼龟和皮卡丘呢？”小智现在才不管妙蛙花多厉害，他现在还没找到妙蛙种子它们三个。
“哒奈~”“皮卡~”“杰尼~”（我们在这里。）皮卡丘它们从妙蛙花背后走了出，小智的直觉告诉他这只妙蛙种子就是自己的那只，看来它没选择进化。
“为什么不让你的神奇宝贝选择进化呢？”妙蛙花向着小智发问了。“明明进化后就能拥有更强大的实力和寿命？”
“我尊重我的神奇宝贝的选择。”小智还是那个热爱神奇宝贝的孩子。
“好吧！我明白了。那这就送给你们了。”妙蛙花拿出一个奇怪的石块。
“这不是MEGA石吗？而且还是妙蛙花的，为什么妙蛙花要给这个？”亚钢对妙蛙花会给他这东西感到很惊讶。
“这是什么啊？”小智在亚钢的帮助下，波导之力已经可以和神奇宝贝交流了。
“小智，快收下吧！”亚钢看到小智不识货，还不想收下，直接出声让小智收下。
“哒奈~”（听说你听的懂我们的话。）
“没错。”这一定是妙蛙种子告诉它的。
“哒奈~”（这是我以前无意之中得到的，据说它能让我们妙蛙一族变得更强，现在它放在我这里已经没用了，与其让它放着发霉，不如送给你，或许你的妙蛙种子有一天能用到它。）妙蛙花解释到。
“那我不客气了。”难么好的东西，小智怎么能拒绝，或许自己哪天真的能用上。
事情圆满的解决了，小智等人也在回会神奇宝贝中心收拾东西后继续向红莲道馆前进。