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郑和与王景弘等人共同负责南京宫殿、祭祀殿坛等的维修，包括工程的规划、物质的采办、工匠的役使、工程的监督与验收等。
洪熙元年(1425)三月，明仁宗朱高炽即位不久，即有还都南京的想法，诏令北京诸司俱称“行在”，恢复北京行部及行后军都督府。
朱高炽之所以有此想法，主要是因为作为政治中心的北京远离作为经济、文化中心的南京，建都北京虽解决了军事御敌方面的问题，但也引发了南粮北运等其他一些问题。同时，朱高炽成长于南京，对虎踞龙蟠之地情有独钟。
由于南京原有皇城长久未有皇帝居住，加之多次地震，宫殿屡遭损毁破坏。因此，洪熙元年四月五日，因郑和忙于其他公事，明仁宗朱高炽给王景弘下达敕令，表示准备来年春还都南京，要求镇守南京的下西洋官兵加紧修缮南京各处宫殿和营院办公用房。然而，明仁宗朱高炽还没有来得及还都南京，便于五月在北京暴卒，在位仅十个月，终年四十七岁。
洪熙元年六月，朱瞻基即帝位。
明宣宗朱瞻基不同于父亲，长相英俊威武，灵敏聪慧，从小深得祖父朱棣喜爱。永乐九年（1411年）便被明成祖朱棣册立为皇太孙。朱瞻基十分景仰祖父朱棣的雄才大略，即位后也想效仿祖父营造万国来朝的盛况，但因户部尚书夏原吉等人的坚决反对而搁置。夏原吉是明成祖、仁宗两朝的户部尚书，政绩卓著，而且他对明仁宗朱高炽的顺利继位发挥了重要作用，所以其地位远远高于一般大臣，明宣宗对他也很敬重。
明宣宗继位前一直在南京生活，对南京充满感情，也想将都城迁回南京。
南京水陆交通便利，朝廷到全国各地采购物资比北京更为便捷，同时也能节省大量人力物力。
所以明宣宗一面令礼部大臣讨论迁都的可行性，一面令郑和继续修缮南京宫殿。
郑和维修南京宫殿需要大量金箔，明宣宗命于户部财库支钞，按当时市场价购买。
为了保证南京宫殿维修工程如期完工，郑和奏请明宣宗批准，将一万多名下西洋官兵投入到南京宫殿的维修工程中，加快工程的进度，从而保证了如期完工。
明朝迁都北京后，每年需从南方漕运粮食四百余万石以供应京师，运输任务繁重，所以自洪熙元年（1425年）至宣德五年（1430年），朝廷每年都要从下西洋官军中抽调万余官兵担任艰巨的漕运任务。因此，郑和属下的下西洋官军除了肩负镇守南京的重任外，还承担各种繁重的劳作。
与此同时，一直竭力反对郑和下西洋行动的代表人物户部尚书夏原吉等人，不仅促使明仁宗朱高炽下达了停止一切下西洋活动的诏令，而且在日常工作中对郑和下西洋官兵颇为不满，常从中作梗，滥用自己主管钱粮的大权，经常拖欠下西洋官兵的月粮。
洪熙元年六月十六日，南京守备襄城伯李隆对夏原吉的这种霸道做法实在看不下去，向明宣宗朱瞻基直言道：“外卫官军自西洋各国回国后，俱留南京听用，而月粮未支。”
与此同时，锦衣卫王九因同样的事情亦上书皇帝。
朱瞻基得知后，亲自过问，下西洋官兵的月粮问题才得以暂时解决。
朱瞻基要求对下西洋官兵的口粮必须“按月给之”，但实际上部分官兵所需的军粮，仍不能按月足额发给，常被拖欠。直到宣德五年八月，下西洋官兵仍缺粮支给，不得不从苏州、松江、常州、镇江四府收贮的赎罪米（明代罚米赎罪，罪犯交纳赎罪米）中支给，以暂时解决下西洋军的军粮供给。
由于夏原吉的掣肘，郑和统领的下西洋官兵，所需的粮饷时断时续，大都临时筹措。
虽然下西洋的活动被按下暂停键，但王九的海外锦衣卫的运作仍在继续，但因无宝船如此大规模的运作，海外锦衣卫的营收亦大受影响。纵然在如此情况之下，王九仍时不时自锦衣卫的营收中直接跳过户部，直接划予郑和，为郑和解了不少燃眉之急……
夏原吉多次在明宣宗朱瞻基面前谗言诋毁郑和，攻击下西洋行动，使得郑和多次被皇帝猜疑、误解而遭到责难。尽管受到种种不公，郑和却忍辱负重，继续勤恳工作。
一朝天子一朝臣，本是中国官场常态，只是无端受气，且部下官兵跟着受累，让郑和感到很无奈。有时心情不舒畅，他便到南京聚宝门外的碧峰寺做些佛事，寻求精神寄托。
由此郑和与碧峰寺非幻庵师祖、牧庵谦公等人交往密切起来。非幻庵师祖生病，郑和还“忝礼亲灸”。